PatternMatchingDistance.py

__author__ = 'Cullin'
from HammingDistance import calc_dist
import os
import datetime
import  sys

OUTPUT = os.path.dirname('/Users/Cullin/Desktop/Bioinformatics_output')
FILE_NAME = os.path.basename(__file__)
NOW = datetime.datetime.now()

PATH = os.path.join(OUTPUT,FILE_NAME[:-2]+'txt')
print PATH

sys.stdout = open(PATH, "w+")

def find_mixmatch_pos(pattern,text,d):
    match_indices = []
    for i in range(0,len(text)-len(pattern)+1):
        word = text[i:i+len(pattern)]
        dist = calc_dist(word,pattern)
        if dist <= d:
            match_indices.append((i,dist))
    return  match_indices


x =  find_mixmatch_pos("AATGCTCCG","TGCGACCGTAGGTGTGACAGCGGATTAAATTGCTATCACGAGTGTTGATAACGGGAATTCCAGATGTGTCTGACATGCATCACAGCCAAGTATGGCACTGTAACTGAGGCTGATTGCGAGAGCCGGGCGAGGTGTGCCGTGTGTTACGGCTTAACAATCGCCATTTTATCAAACAGGGCTTCGAGATAAGCCCTAGCCCCTACAAAGACGTCCTTGCAGACGCTGCTAGAATGGTAGTACATTAGAGATTAGAAGCTACAAGCGTTCATCCATCACGCCGGGCCCGAAAGATACATATTGCGCTACAGCGCCCCGGCGGGTGGAGTTCCCCATCTAATAGGGAATTATGCCATTTTTACATCACGGCCGTATACAGCACTTTTTTGGCGTCATGTAAAACTGTAATTTTAATGCCCAATGATGGGATGACGTAAGTGGACCCAACCTTTCCTTCGATATCTTTACAAACTGTGGTTGGTACAGTTTAAAGGCAGTCGCCGCAGGGTGTTTTCACATATAAAGCACTGCCATTAAAGCGTGAGTTAATAAGAGGCTCGATTGAAATCTCTACGTTACGATGTAGGAAGTCATATAATGGGACATTACCCGCATTAAGCTCGCAATAGTCTCGAGATGATGCGCTACTTCCGTGCGCCTTCTTTACTCGAAAAACATAGTGGCAGGCAGTTTTTATATCCATAAACATCGGATTATCTGCCAGCACAAAAAGTTAGGGCAGATGAGTTGGTTGACGCCACGCGTACGTTAGTTAAAGTGACATAGACGTAAACGAACTTGGGTCCAATCCGGCTATCGTGTGCTGTTGGACGGTATTAACTCCCTGAACAACCCGATAGACCATGATATGCCAGACCGAGGAATGGTCTATGCTTGAGGCCGTGACTCAACTGGTCCGATAAGCAGGCCGATATACTAAGTCTCGTGTAGCCTCCGAGCGTGGTGCTCAGTGCGGTAGCTTGAACCAATTGACACCGGAATACGCCTCCATTAAGCTTTGCAAGCGAGGCGGCCAGGGGCCTTGGCTGTGACAGCGATGATACGAGTACCCACAGTCAAAGATGAATGCGTCTCACCCGTTTCCTGGCCGATGCCAAATGCCACACTGCTCTCCGCACCCGGGAGAGACCTAAGCCGTTGTCCGGAGACACCAAATTCTAAGCTACGGCTGGTTTCAATACCAATGTTAGGTCTGCTGCCGGAAGCCCAACAAGTGTCATGGCCGTACCTATGCAGGCGTGGTTACGCCGATTCAGGCGATTCGGGCATTACTTGACGAACGCCCACGATACAATGGACATTTTCGGTACGCGCGAAGGTTGTACCTGAACGTGCCAAAATGGCACGAAGTCGGGTTTTCGGTATAGCGTATATAAATTGCAACTTGTGAAAGTCTGGGTCACGAACTTTATTAAAAGTCCCGCGCAATTGGCAGACGGAGAATAAGGATTGGTAAGAGGCTTAACTCAGCTACACGCCACAGATAAATCTCCTGAACGACCCGCTTAGTAACAGGATGACACCGAAGCATGCGGTCCGATGTTCCACATAACTGTGGGGGGACCCTAACTATTAGGCGAACAAACAGAATTGGTAGCTGAGTGCTTAAACCATACGGCATCCTTCAGGGGTCGTCGATACCGACGGATGGCGTACCTTTGCTCGCTGAAAGTTCTGTTTAATTCCTGCGGAAGGCTTACCAAGGCGTCGATTCCTAGACAGGTGTTCATCTCCCCTGGCATTTAACTCTCGGACACAAAAGCATCCAGCTAGCCCTAGCGTCGGCCAAGGATTTACTCTGACCTCCTCTGTCAAAATTAGGCAGTCAATTGAATGATGGGCGGCTGTTATGCAATGAGCTAATAACTGGTCTGGCGTTTACTTTAGCTCTACACTGACCCGAAATTGTGACATGTCGATCCAGAGATTAAAACGGCGCTCACTCAAGCACTCTGACAAATGCACACGCCTGCTGGTTAACTACCGCTTGGTACCGGTTAGACTTTCTCTGCCCACTCCGTCAAGTTCACGGACTTCTTTTTAAGACTATCTTGCCGATGTTTACCGCGCGCTCCGATTGGGAATCACCCCCGGCGCTGAAAACGTTTTCACTTGCCGTGCAAACTGGTCGGTCGTCCGCATATGCTTAGATCTATTTCAGTGGTTTGCGATCCGTGGGTTTACGACCCGCGATATGCGTTATATTTGAGTTCAGTTTAAGCATTGTAGTCCGCAGAGCGGGGGCTGAGATAGCCGCGGGCGTCGATCGCGGTTTAGATTCAGTGTTATTTAAATTCGTTGAGGTCCGGTCTAGGAGCTATTCCCATCTAACACGATCAATACATGGCATGACACTTTGTGGAGGCACACTCATACAACCTGGCCAGTTAACGCAGACGTCGAATGAGCCCGAAAGGCCTATCTACCTGCCTACAGTTTTGGATTCTCCATCTGCTTGTGGTTAGTGTCACTATGCAGTGAGTTATCAGTGGATGTCGGAGAGTCGTTCCCGGGCTCGCCCTAATGAAGGTATGCACACGGACTGATTCAAGATTCGATTTCAATCAAAGTTCGGACATGAGTCGGGACCCCGATTCCTCCCACGTCTGACTGCTGTTAGATCTCCCTTTGGGCCATTTGCATAAGCCAAATGTATACAGTTATAGGCTAATGAGCCTCATAACTTTGTAGCGTTAGTCATTCAAGAACGATGCTAATCGACGCTCCTGACTAATCGCAATAGTGGGTCCCAGTACACCTCATAACCGCCCCTGCTGCCGGGACTAGAGATAGCACAGCCGGTGTAGACTACTAGTACGACGGGTCGTTTTGTTGATTGAGTCGACCCTATGCCCGAATCGGCAGATCGGGCATTATCTTCCGTGTTTAAAGAATGGCACGTTTCCGCGCAGAAATACCATGAAATTACGCCCGTCGCGTTTCGGTAGGCTCCCGGTCCGACGACCCATACTATCTATATTACGTTAGACGGTCACCCGCTCTTCAGGACTTACACTTGCCAACCCAATCTGAGATTCTACACACATGGCTTACTATATAGCAGTTTGCATTATGCTAATATACCAAGGCTTCGATCGCCACTCAAATTGCTATCGCATAGAGAGCCCTCGAGAGAAAGATGGATATTCTTTTCACCCAACTCGCATAATTGCCGACAATTCACCGACGAAGAATACCGCTTCCGGTGGAAGAACGCGAAACGCAGATCTTGACTTACTTGAAGCCCTTCGTAAACTTCCACGGCACGACTTGCCGTCCTTGAAATTCGCATCACAAACAAGGTTGTTTCAGGAGCTTATGTATGTTGATGAAGTTGGTGAAGAGGATGATCAGCCCAACAGGTTATATCAGTTCTCGCCGACGCCCTTCTCAGCCGCCAGAGGACGCACACCACGTTCCAAAACGACCATCTCAGGTCTCCATGTGACGGTCGGACAATGTTCTGTGCATTTAAGTCGGGAATTGACCCGCTAACCGACTCACACGAACTTAGCTTTTGCACGCCCGCAGTTAGATCATCCCACCTGCCGCACCTACCCTCAGAACGAAGAGGGCCCGGTCACTTTATGGGCTCGGTGGGTAGTCCCTAGGCTGCCTACACTCGCTGTACTCGCGCGCGTATAACGGTTACTATGCGCAGCGCGCGCAGATTATAGACTAAACGCCAAATCAGGAATAGGCGAGACGAGGCTATTAAAGGTGGGTTGGACCATGGTTTGCTGCTAACCTGCTATGCAATAAGCGGGGGTTCGTGTGAAGAGGTTGTCTGCATACATTGATCAATATCCTGCGATCGTCGATACTCCTCAGGGTCCGACGCTATCTATCGAGCGGACTCGCGAGTCGCTCGTCTGCGAAAACTCGTGCGAGTGACTCGGGACTTTAAACGTCAGATTCTTAGGATACGTCTATTTCTCTCGACGAAAAGTATTAGCGGTAACTGTTTCCGCAAGAGGTGGAGGGTGTGGTGGCCCCCGTTTCCAACCCAGTCGCTCATGTTGACTTATCGGTATCCATACTCGTGGCCGCCGGTAAGGTTATCCCCTACAATATAACTCGTTTAATTGATGAGCCTAGGAGGATTTCAGTTAAGGGTTTGGTGTTAAAAATCTGTACGTCAAGATCAGCCGCCATTACCCCAAAAATAGTTGACTCGGTCCTAGATATACCCACCCTCCATAGCGAGTGACGCTGACTGCTTTATCGCTACGATTCGGTCGTAAGGAAGTCCGATTTAGTAAGGATTCGGCTTGTCGTGGGAAAATCTTCTCAGTTCGTTCAAACAAACACTCTTGGTAGATTATTGACTGAAAGAGTGTGACGTCCAGGTTGCGAAAAATAGGTACCTTGCCCTGACCGAACCACACTGTAGATTGAGCGCTCAGACTGCTGACCAAAGCAGTCTGTGAATGGGTACGAGCTAACCTACACATTTTCCGTACGGTCAGACCATGTCGCCAGTTCGCCTGGAACACGATGAGCTTTTATTGTGAGTTTTTCTAACTTTAATGCGTCGGATGGATTCCGAGGTGGGAAATTGGTGTAGCGCTTGCGTGACCCTGAGATTCGTCACACGAGGCCACGCGACGGTTGCCCCCAATCAATGATGGAAAATGCAGTCTAAAAGTGAGGGTACGGTATTATCTATAATGATTTACGATATTGCCGGCAACGAGTTGTGTATTGGCGGCATATGGAGGAACCGCCGAAAATGTCAATTTCACCTACGGCACTCCAAAAGCTAAGTCCAACCGACTTGCAGAGATTGACTATAGGTGGGCACCTAACGGAGTCCTGAACTGGTATTATAAATACCGATGCTACACAACATTCCATTCTAGCATTGCACTCGCAGCTTCGCTGAGGACGCATAGAGTACTACCAGAAACCGCATACCCTGGACGTGGTCATTCGGTAGTCAGCTCCGCAA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